نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها حسب عنایت و دستور حضرت آیت‌الله خامنه‌ای (مدظله العالی) با هدفی متعالی و در راستای ایجاد دانشگاه مومن و متعبد به هدایت الهی و در راستای تبیین ارزش‌های اسلامی و تعمیق آگاهیهای دینی و اعتقادی دانشجویان و دانشگاهیان و بر اساس مصوبه نهایی اسفندماه سال ۱۳۷۲ شورای‌عالی انقلاب فرهنگی مبنی بر ایجاد سازمانی جدید برای تحقق منویات معظم له، بر اساس اهداف و وظایف معین تشکیل گردید که در کلیه دانشگاه‌ها و مراکز آموزش‌عالی به انجام وظایف مصرح در اساسنامه می‌پردازد.
نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها در جهت نیل به این اهداف و وظایف الهی دو اصل مهم و اساسی را فراروی خود قرار داده است:
۱ـ تاکید و تلاش جدی بر حرکت‌های زیربنایی و عمیق فرهنگی در راستای رشد و توسعه اندیشه‌ها و آگاهیهای دینی و اسلامی دانشجویان و دانشگاهیان.
۲ـ ایجاد و تقویت روحیه تحرک و مشارکت فعال دانشجویان و دانشگاهیان در عرصه فعالیتهای سیاسی، اجتماعی و فرهنگی در سطح جامعه و دانشگاه‌ها.
بر همین اساس نهاد نمایندگی مقام معظم رهبری در دانشگاه‌ها با اهتمام و جدیت تمام نسبت به برنامه‌ریزی و ایجاد هماهنگی و ارتباط با نهادها وتشکل‌های دانشجویی اقدام نموده و در جهت ایجاد ارتباط با اساتید و نیروهای فرهنگی و مذهبی گام‌های موثری برداشته است.